Intent.FLAG_ACTIVITY_NO_HISTORY

を指定すると履歴にスタックされない。

    Intent intent = new Intent(IntentActivity1.this, NewActivity3.class);
    intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NO_HISTORY);
    startActivity(intent);

具体的には、↑のNewActivity3に移った後に「戻る」ボタンなどでIntentActivity1に戻ったとき、Activity3でonStop()が呼ばれる。
次に、IntentActivity1の画面でハードキーの戻るボタンを押下すると、画面がリロードされ(＝Activity3がスキップされる)、Activity3のonDestroy()が呼ばれる。